みそが優れたたんぱく源であることは、主原料である大豆のアミノ酸のバランスがとれていることや、たんぱく質が酵素などの働きで消化吸収しやすい状態で存在することからもわかります。また、大豆の脂質には、リノール酸（不飽和脂肪酸）が多く含まれ、血中コレストロールを下げる働きがあります。また、みその中に含まれるサポニンやレシチンには、体内の余分な脂肪を溶かす働きがあるとされています。しかも、大豆に多く含まれる植物繊維は腸の掃除をしてくれます。
このように、みそにはさまざまな健康によい成分が含まれており、食品の持つ三次機能（体調を調節する機能）として注目されています。

みその成分に期待される主な三次機能は下記の６つがあるとされています。

みそがガン予防に効くということについて、よく知られた疫学調査の結果があります。これは、１９８１年１０月当時国立がんセンター研究所で疫学部長をしていた平山雄博士によって、日本癌学会で報告されたもので、みそ汁の摂取頻度と胃ガン死亡率との関係を調べた疫学調査です。報告によると、男女いずれもみそ汁を食べる頻度が高いほど胃ガンによる死亡率が低く、ことにみそ汁を毎日摂っている人と、全く摂らない人とでは。全く摂らない人のほうが、胃ガンによる死亡率が４８％も高いそうです。また、みその脂溶性物質には発ガン物質と極めて密接な関係にある変異原性物質に対しても、その作用を抑制する働きがあることが認められていますし、細胞のガン化を招く放射性物質を除去する作用があることもわかっています。このように、ガン予防んの見地からも、みその効果は評価されつつあり、注目されています。